本作以公元2061年的日本为主要故事舞台。日本遭受统治。在全球四大主要经济体的割据之下，身为隶属国之国民，日本人每天过着被欺凌的日子。由各经济体所投入之人型特殊机动兵器AMIM在日本迈开大步，成为全世界最前线的战场。 一位喜欢机械的少年，椎叶海士，某天遇见了自主思考型人工智慧“垓”。以此为契机，海士开始投身夺回日本的作战。驾驶着他自己组装的AMAIM“剑舞”。

被无法与人类沟通的异生物·奇居子破坏的太阳系，只剩下一小部分的人类尚存活。他们为了生存制作了如同小行星般巨大的宇宙播种船希德尼娅，并在宇宙中进行旅行。 经过了1000年后，时值希德尼娅出航纪元1009年，由地下层部培育的少年谷风长道自祖父死后而来到上层市区。并入学巨大人型兵器“卫人”的操控师训练学校，这也是谷风长道首次与外界人接触。